Jego geneza sięga czasów zlokalizowanego tu, lecz już nieistniejącego kościoła pw. św. Anny (koniec XVI w.) i przykościelnego cmentarza parafialnego. Świątynię zburzyły wojska napoleońskie, przygotowując się do obrony przed Rosjanami, a materiał uzyskany z rozbiórki ogrodzenia nekropolii Francuzi użyli do budowy… przeprawy przez Wisłę.

W 1911 r. w miejscu kościoła pw. św. Anny ulokowano grupę rzeźbiarską Ukrzyżowanie (1813 r.) wykonaną w stylu neogotyckim.

Stary cmentarz jest zaledwie o rok młodszy od najbardziej znanej nekropolii Torunia – nowego cmentarza św. Jerzego (założonego w 1811 r.; stary cmentarz św. Jerzego miał rodowód średniowieczny). Dziś jest to miejsce spoczynku wybitnych mieszkańców Podgórza, np. Georga Thomsa (browar), rodzin Jaugsch i Kuras (rzeźnictwo; kaplica grobowa z lat 1912–1914), ks. Kazimierza Siuchnińskiego, proboszcza podgórskiego w II połowie XIX w.