Kościół i zespół klasztorny ufundowany został w 1644 r., świątynię konsekrowano w 1659 r.

To jeden z zaledwie dwóch kościołów wzniesionych w czasach nowożytnych w dzisiejszym Toruniu (po obu stronach Wisły). Architektura zespołu reprezentuje konserwatywny, prowincjonalny typ gotycko-renesansowy. Zgodnie z regułą reformacką (franciszkańską) świątynia nie ma wieży, a jedynie sygnaturki (XVIII w.).

Barokowy wystrój i wyposażenie wnętrza są jednorodne, typowe dla kościołów reformackich tego czasu (prostota i ograniczona kolorystyka). Uwagę zwracają zwłaszcza: grupa rzeźbiarska Chrystus w Grobie oraz malarskie stacje drogi krzyżowej (koniec XVIII w.) autorstwa lokalnego mistrza Kazimierza Łukaszewicza. W dobudowanej w XVIII w. kaplicy mieści się otoczony kultem wizerunek Matki Boskiej Niepokalanej (Podgórskiej). Koronacja obrazu nastąpi w 2015 r.

W 1658 r. w klasztorze rezydował król Jan Kazimierz z żoną Marią Kazimierą, który kierował walką o odzyskanie Torunia z rąk Szwedów. Świątynia ocalała z wielkiego pożaru Podgórza w 1813 r., ale zabudowania klasztorne ucierpiały znacznie podczas wybuchu trotylu w styczniu 1945 r.

Po kasacie klasztoru (1834 r.)  ustanowiono tu kościół parafialny, mieszczący się tu również obecnie, tj. po powrocie na Podgórz franciszkanów (1987 r.). Franciszkanie powołali Wyższa Szkołę Filologii Hebrajskiej (2009 r.) – ewenement w skali nie tylko polskiej.

Ogrodnictwo Stanisława Lendziona, ul. Poznańska, teren kościelny

W czasach PRL-u przez dziesięciolecia na przykościelnym terenie Stanisław Lendzion prowadził wielkie gospodarstwo ogrodnicze. Było ono znane nie tylko na Podgórzu m.in. za sprawą hodowli szparagów (w miejscu dzisiejszych parkingów).