Do schyłku XIX w. podgórscy ewangelicy chodzili do kościoła gminy staromiejskiej w Toruniu (czyli obecnego kościoła Jezuitów przy Rynku Staromiejskim). Własną świątynię w Podgórzu wznieśli dopiero w latach 1896–1897. Kompleks kościelny obejmował neogotycką świątynię, budynek szkoły, kostnicę, z czasem wzniesiono też dzwonnicę (1937 r.). Kościół we wrześniu 1939 r. został zbombardowany przez wojska hitlerowskie, a później rozebrany.

W dawnej szkole ewangelickiej w okresie międzywojennym funkcjonowała 7-klasowa szkoła powszechna (w latach 30. XX w. była to szkoła męska, szkoła dla dziewcząt mieściła się przy ul. Wyrzyskiej), zaś w czasach PRL-u szkoła podstawowa. Dziś jest to teren prywatny. W czasach PRL-u przez wiele lat funkcjonowało tu przedszkole Muchomorek.