Kluczyki wcielone zostały do miasta Podgórz w 1878 r. W 2. połowie XIX w. był to teren rekreacyjny dla torunian (restauracja z salą taneczną nad stawem i strugą, ogród wycieczkowy), którzy mogli dopłynąć na Kluczyki statkiem wycieczkowym. Po wybudowaniu linii kolejowej do Bydgoszczy (1861 r.), ulokowano tu przystanek kolei żelaznej.

Z czasem Kluczyki stały się dzielnicą kolejarzy. Największy rozwój stacji przypadł na lata okupacji hitlerowskiej – to Niemcy, wykorzystując jeńców radzieckich i brytyjskich, rozbudowali stację, dołączając do niej pobliską lokomotywownię i wieżę wodną dla niej. Wybudowali też wspomniane domy dla przesiedleńców.

Dziś Kluczyki to duża stacja towarowa i zaplecze dla dworca Toruń Główny, jedna z największych stacji rozrządowych w Polsce. Lokomotywownię odwiedzają miłośnicy dawnej kolei, którzy społecznie dbają o zabytki kolejowej technik. Duża w tym zasługa Stowarzyszenia Przyjaciół Kolei i Zabytków Techniki.